Tuy nhiên, không phải tất cả những vi sinh vật sống nào cũng là probiotic (theo định nghĩa của Tổ chức Y tế thế giới và Tổ chức lương nông thế giới (WHO/FAO, 2001).
Hầu hết các chủng probiotic được sử dụng sản xuất thực phẩm là những loài thuộc nhóm vi khuẩn acid lactic như là Lactobacillus và Bifidobacteria. Theo đánh giá của tổ chức WHO/FAO, tiêu chuẩn quan trọng nhất để chọn chủng khuẩn probiotic sử dụng dưới dạng thực phẩm là chủng khuẩn đó phải có khả năng sống sót qua hệ tiêu hóa và phải có khả năng phát triển trong ruột.