Lúc này, các vi khuẩn xấu sẽ không còn bị kiểm soát, và bắt đầu “hoành hành”.
Chúng sinh sôi nhanh chóng, tiết ra các chất độc như hydro sunfit, gây các triệu chứng như đầy hơi, đau quặn bụng và tiêu chảy. Nếu tình trạng này kéo dài, phần lớn các vi khuẩn tốt sẽ bị tiêu diệt khiến mạng lưới thành ruột bị hổng cho phép vi khuẩn xấu xâm nhập vào máu. Khi lượng vi khuẩn gây bệnh tăng cao, sự cân bằng trong cơ thể bị phá vỡ cũng là cơ hội cho các vi khuẩn nguy hiểm. Tất cả các yếu tố này làm tăng nguy cơ mắc các bệnh về đường tiêu hóa: từ tiêu chảy, viêm dạ dày – ruột đến hội chứng ruột kích thích (IBS), viêm loét đại tràng, viêm đường ruột (bệnh Crohn).
Bác sĩ Christopher Lowry ở đại học Colorado (Mỹ) đã dành 12 năm nghiên cứu quan hệ giữa người và vi khuẩn, cho rằng: “Con người và vi khuẩn đã cùng nhau tiến hóa. Chúng là những người bạn cũ của chúng ta. Tuy nhiên, quá trình công nghiệp hóa, đô thị hóa và thói quen giữ gìn “vệ sinh” khiến vi khuẩn tốt khó có thể tồn tại quanh chúng ta”. Do ít tiếp xúc với vi khuẩn, hệ miễn dịch mất dần khả năng phân biệt và có thể cho rằng một nhân tố vô hại (như thực phẩm) là kẻ xâm nhập. Đó cũng là lý do tình trạng dị ứng thực phẩm và các bệnh tiêu hóa ngày càng phổ biến ở các nước “sạch sẽ”. Phụ nữ chịu ảnh hưởng của vấn đề này nhiều hơn nam giới vì thói quen sạch sẽ của họ.